La historia de Disciples: Domination se sitúa quince años después de los hechos del primer título. Avyanna Nevendaar gobierna un reino fracturado: sus antiguos aliados la han abandonado, una corrupción mágica se expande por las tierras, y los conflictos religiosos y raciales amenazan con destruir lo poco que queda en pie. La protagonista emprende un viaje para salvar lo que aún puede rescatarse, apoyándose en pueblos perseguidos y en decisiones que marcarán el destino del reino.

Desde el inicio, el jugador define la clase de Avyanna, lo que determina su estilo de juego y su árbol de habilidades. Este sistema permite experimentar con distintas configuraciones, ya que es posible cambiar de clase y reajustar puntos a cambio de recursos. El progreso es lento y exige invertir muchas horas para desbloquear nuevas capacidades y hechizos, reforzando la sensación de una evolución constante pero exigente.

La estructura del juego se divide en varias fases. Primero está la exploración del mapa del mundo, donde se recorren regiones, se aceptan misiones y se recolectan recursos. Las conversaciones con los personajes presentan decisiones que pueden influir directamente en la narrativa y en la relación con los compañeros. Algunas elecciones fortalecen alianzas, mientras que otras generan tensiones dentro del grupo.

La segunda fase se centra en la gestión del reino. Desde el trono, Avyanna debe resolver problemas políticos y sociales presentados por las distintas facciones. Cada situación ofrece varias soluciones posibles, condicionadas por los recursos disponibles. Las decisiones afectan la reputación con cada pueblo y desbloquean bonificaciones permanentes para sus unidades, lo que convierte la política en una parte tan importante como el combate.

La tercera capa es la administración del ejército. Se reclutan, mejoran y organizan unidades según el nivel de mando de Avyanna. El sistema obliga a planificar cuidadosamente la composición del grupo, incluyendo combatientes principales y apoyos pasivos que influyen en las batallas. La progresión de las tropas depende tanto de la investigación como de la mejora de edificios.
El combate se basa en un sistema táctico por turnos sobre mapas hexagonales. Antes de cada enfrentamiento es posible analizar la situación y ajustar la formación. El orden de acción depende de la iniciativa de cada unidad, y el terreno juega un papel importante gracias a zonas con efectos especiales. Existen bonificaciones por flanqueo y formaciones específicas, así como objetivos opcionales que recompensan un desempeño perfecto, como ganar sin perder unidades. Además, los combates pueden repetirse si el resultado no es satisfactorio, evitando pérdidas irreversibles innecesarias.